至正十二年（1352），徐壽輝攻克武昌，年僅十八歲的丁鶴年將生母馮氏安頓于城郊，護(hù)侍嫡母順長(zhǎng)江東逃至鎮(zhèn)江避難。后嫡母病逝于鎮(zhèn)江，他徒步往浙東投奔任定海縣令的從兄吉雅謨丁。

由于浙西日亂，當(dāng)時(shí)江南行御史臺(tái)移治奉化，不少名公大臣賞識(shí)丁鶴年的才干，推薦他做官，都被他一一回絕。不久，吉雅謨丁去世，鶴年生活無依無靠，幾乎陷于絕境，只好“或旅食海鄉(xiāng)為童子師，或寄食僧舍賣藥以自給”。

當(dāng)時(shí)，浙東一帶屬方國珍的勢(shì)力范圍，方氏“深忌色目人，鶴年畏禍遷徙無常居”。在浙東海島潛蹤匿跡，逃亡避禍，不得不“居簡(jiǎn)便夷俗，含凄效越吟”。

他常寄居寺廟，結(jié)交了一批“禪侶”，也深得僧人的幫助。嘗詩云：“賴有諸禪侶，情親似弟兄。”保國寺的椿上人便是其中之一。丁鶴年也在這段人生中參禪、逃禪，并在《辨中邊論》基礎(chǔ)上完善、修行了佛教界的“中觀理論”，保國寺為其提供了重要的悟道之所

至正二十八年（1368）元退。政局逐漸安定，丁鶴年在定海海邊筑室定居下來，名其室為“海巢”。明洪武十二年（1379），各地交通多恢復(fù)，丁鶴年告牒武昌長(zhǎng)官回鄉(xiāng)遷葬生母遺骨。回武昌后，幾經(jīng)周折，終于尋找到生母馮氏埋葬之所，將其尸骨遷至武昌城西寒溪寺后山父墓旁。

創(chuàng)辦鶴年堂

永樂登基后，采取了對(duì)色目人的安撫、融合政策，京城也成為了色目人的聚居之地。于是丁鶴年去了北京，并且?guī)チ舜人恕⒒茧y與共的農(nóng)村醫(yī)生樂良才，共赴北京穿街走巷行醫(yī)。著名的鶴年堂藥鋪就是成立于當(dāng)時(shí)，樂良才也成為了創(chuàng)辦同仁堂的北京樂氏家族的祖宗。也可以說，丁鶴年是北京寧波商幫萌芽形成的領(lǐng)路人之一。